Tòa án được xem là một cơ quan thuộc bộ máy nhà nước, bằng sức mạnh của nhà nước, bản án sẽ được cưỡng chế thi hành. Chỉ cần các bên có tranh chấp mà tranh chấp đó không thuộc thẩm quyền giải quyết của trọng tài, các bên có thể đưa vấn đề tranh chấp đến tòa án.

Phương thức giải quyết tranh chấp này có một số ưu điểm như: phán quyết có tính cưỡng chế cao, có hiệu lực thi hành, xét xử công khai, minh bạch. Các bên phải có trách nhiệm và nghĩa vụ phải thực hiện quyết định của Tòa án nếu không sẽ bị áp dụng các biện pháp bảo đảm thi hành án. Khác với phương thức giải quyết tranh chấp bằng Trọng tài, thì tại phương thức này việc giải quyết tranh chấp được thực hiện qua hai cấp xét xử. Nhờ vào điều này, nên việc xét xử tranh chấp hợp đồng thương mại có thể giải quyết một cách kỹ lưỡng, giảm thiếu tối đã những sai sót. Khi phát hiện những sai sót đó thì vẫn có thể được khác phục để đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp chính đáng của các bên. Bên cạnh đó, chi phí cũng là một điểm lợi thế của phương thức này vì so với Trọng tài, phương thức này ít tốn kém hơn nhiều và cũng không phụ thuộc vào thời gian của các vụ tranh chấp.

Tuy nhiên, giải quyết tranh chấp bằng phương thức này còn tồn đọng nhiều điều hạn chế như: thời gian giải quyết tranh chấp còn tốn khá nhiều thời gian, có những vụ việc phức tạp có thể kéo đến đến vài nằm mà chưa giải quyết xong vì thủ tục tại Tòa án quá chặt chẽ; khả năng tác động của các bên trong quá trình tố tụng rất hạn chế vì trừ việc cung cấp tài liệu, bằng chứng và biện luận khi tranh tụng thì các bên hoàn toàn không thể can thiệp vào quá trình tố tụng và phán quyết của Tòa án; với nguyên tắc minh bạch, công khai thì các bên có thể sẽ bị lộ một số thông tin liên quan đến làm ăn, kinh doanh, hóa đơn, chứng từ và thậm trí bị sụt giảm uy tín của mình. Ngoài ra, đối những tranh chấp có yếu tố nước ngoài thì việc lựa chọn Tòa án, lựa chọn luật áp dụng còn phụ thuộc vào hợp đồng, các bên và những điều khoản quốc tế, điều khoản song phương giữa các quốc gia đã ký kết nên thủ tục giải quyết còn quá nhiều vướng mắc.

Về thẩm quyền giải quyết

Nguyên đơn sẽ là người được lựa chọn Tòa án giải quyết tranh chấp theo Điều 40 Bộ luật tố tụng dân sự 2015. Thẩm quyền của tòa án được quy định từ Điều 35 đến Điều 40 Bộ luật tố tụng dân sự 2015. Hai bên tham gia tranh chấp hoàn toàn có thể khởi kiện tại Toàn án mà không cần thỏa thuận trước, phía bên Tòa vẫn xem xét thụ lý nếu đơn khởi kiện đó đủ điều kiện thụ lý.

Về thủ tục giải quyết tranh chấp bằng Tòa án

Bước 1: Khởi kiện và thụ lý vụ án

Trước tiên, nguyên đơn cần làm đơn khởi kiện, gồm đât đủ thông tin của cả nguyên đơn và bị đơn, những người liên quan cũng như chứng cứ, chứng từ liên quan. Sau đó sẽ nộp tất cả hồ sơ khởi kiện đến Tòa án bằng nhiều hình thức: trực tiếp hoặc gửi bưu điện,..

Bước 2: Tiến hành thủ tục thụ lý vụ án

Xử lý đơn khởi kiện:

Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đơn khởi kiện, Chánh án Tòa án phân công một Thẩm phán xem xét đơn khởi kiện. Nếu hồ sơ khởi kiện thiếu thông tin thì Tòa án yêu cầu đương sự bổ xung thêm thông tin.

Bước 3: Chuẩn bị xét xử

Phân công Thẩm phán giải quyết vụ án

Trong thời hạn 3 ngày làm việc, kể từ ngày thụ lý vụ án, Chánh án Tòa án quyết định phân công Thẩm phán giải quyết vụ án. (Chánh án phân công cho thẩm phán bảo đảm nguyên tắc vô tư, khách quan, ngẫu nhiên). Đối với vụ án phức tạp, việc giải quyết dự tính có thể kéo dài thêm thì Chánh án có thể phân công Thẩm phán dự quyết nhằm đảm bảo việc xét xử đúng với thời hạn mà pháp luật đã quy định. Trong quá trình giải quyết vụ án, Tòa án có thể phân công Thẩm phán khác tiếp tục nhiệm vụ nếu như Thẩm phán đã được phân công không thể tiếp tục. Ngoài ra, Tòa án phải xét xử lại vụ án từ đầu , đồng thời thông báo cho đương sự, Viện kiểm soát cùng cấp biết nếu như đang xét xử mà không có Thẩm phán dự quyết.

Lập hồ sơ vụ án

Thẩm phán lập hồ sơ vụ án, tiến hành xác minh, thu thập chứng cứ, làm rõ những tinh tiết khách quan của vụ án. Thẩm phán tổ chức phiên họp kiểm tra việc giao nộp, tiếp cận, công khai chứng vứ và hòa giải (Trừ những trường hợp thuộc điều cấm của luật không được hòa giải)

Tiến hành hòa giải

Nếu hòa giải thành công (Trong 7 ngày mà không có ai phản đối) thì thẩm phán ra quết định công nhận hòa giải và gửi quyết định cho các đương sự và viện kiểm sát cùng cấp. Trong trường hợp hòa giải không thành thì Thẩm phán lập biên bản không thành công và đồng thời phải đưa vụ án ra xét xử.

Bước 4: Xét xử sơ thẩm

Xét sử sơ thẩm là lần xét xử đầu tiên. Trong lần này phải có đầy đủ các đương sự ở Tòa án, nếu thiếu 1 trong các đương sự, người đại diện hợp pháp… của 1 trong các bên thì vụ án sẽ được hoãn (trừ trường hợp người đó có đơn vắn mặt). Nếu hoãn thì sẽ được triệu tập lần thứ 2, nếu lần 2 mà vẫn vắng mặt mà không có đơn vắng mặt, hoặc không vì trường hợp bất khả kháng thì bị coi là từ bỏ việc khởi kiện. Trường hợp vụ án vẫn được diễn ra theo hình thức xét xử vắng mặt thì lúc này bên đó sẽ không có quyền phản bác cũng như không thể bảo vệ các quyền lợi hợp pháp của mình

Bước 5: Xét xử phúc thẩm

Thời hạn kháng cáo của viện kiểm sát cùng cấp là 15 ngày, của viện kiểm sát cấp trên trực tiếp là 1 tháng kể từ ngày tuyên án

Bước 6: Xem xét lại bản án có hiệu lực

Xem xét lại bản án.

Bước 7: Thi hành bản án, quyết định của Tòa án

Đây là bước cuối cùng của vấn đề giải quyết tranh chấp thương mại bằng Tòa án. Ở bước này thì các bên có quyền thỏa thuận với nhau về việc thi hành án (Thỏa thuận không được trái pháp luật và đạo đức xã hội).

Nguyên tắc giải quyết bằng Tòa án 

 Thứ nhất, tuân thủ pháp luật trong tố tụng dân sự

 Trong tố tụng dân sự, đặc biệt là của cơ quan tiến hành tố tụng, các bên tham gia tố tụng của cơ quan, tổ chức hoặc cá nhân có tuân theo các quy định của BLDS. Đây là nguyên tắc cơ bản cũng là nguyên tắc quan trọng trong hoạt động tố tụng. Trước hết, mọi hoạt động tố tụng dân sự, trong đó có giải quyết tranh chấp hợp đồng thương mại tại tòa án phải tuân theo đúng pháp luật nói chung và quy định của BLDS nói riêng. Ngoài ra, các chủ thể tiến hành tố tụng và người tham gia tố tụng cần tuân thủ theo quy định của pháp luật, không loại trừ bất kỳ ai.

 Thứ hai, chế độ xét xử có Hội thẩm nhân dân tham gia

 Trừ trường hợp xét xử theo thủ tục rút gọn, khi biểu quyết về quyết định giải quyết Hội thẩm nhân dân ngang quyền với Thẩm phán. Đây là nguyên tắc được quy định tại Khoản 1 Điều 103 Hiến pháp 2013. Quy tắc có sự tham gia của Hội thẩm nhân dân đã xuất hiện từ những ngày đầu thành lập tòa án nhân dân nhẳm bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của đương sự. Hội thẩm nhân dân cùng thẩm phán giải quyết các vấn đề của vụ án

Thứ ba, hội thẩm nhân dân xét xử độc lập và chỉ tuân thủ theo pháp luật.

Cơ quan, tổ chức, cá nhân không được can thiệp vào việc xét xử của Thẩm phán, Hội thẩm nhân dân dưới bất kỳ hình thức nào. Việc xét xửa của cả Hội đồng nhân dân lẫn thẩm phán phải tuân thủ theo quy định của pháp luật và phải hoàn toàn độc lập.

Thứ tư, nguyên tắc xét xử công khai

Trong hoạt động xét xử tranh chấp hợp đồng hợp tác kinh doanh, nguyên tắc không thể bỏ qua là nguyên tắc xét xử công khai. Việc tiến hành xét xử phải minh bạch, đúng với quy định của pháp luật. Việc xét xử kín tại tòa án chỉ là trường hợp ngoại lệ. Thường việc xét xử bí mật thường áp dụng với trường hợp đặc biệt như vụ án cần giữ bí mật quốc gia, thuần phong mỹ tục, giữ bí mật nghề nghiệp,…theo yêu cầu chính đáng. Tuy nhiên dù xét xử công khai hoặc xét xử kín thì thủ tục tuyên án tòa phải tiến hành công khai.

Thứ năm, thực hiện chế độ xét xử sơ thẩm, phúc thẩm

Việc xét xử không dừng lại ở sơ thẩm hay xét xử phúc thẩm, mà còn dựa vào việc xem xét lại các bản án, quyết định đã có hiệu lực của pháp luật cũng vô cùng quan trọng trong một vụ án. Nói chính xác bảo đảm chế độ xét xử sơ thẩm, phúc thẩm là nguyên tắc thể hiện bản chất dân chủ, luôn tạo điều kiện tố tụng cho những người có quyền kháng cáo, kháng nghị trong thời hạn luật quy định để yêu cầu xét xử lại bản án, quyết định sơ thẩm.

Thứ sáu, nguyên tắc giám đốc việc xét xử

Tòa án nhân tối cao sẽ giám đốc việc xét xử của các Tòa án, các Tòa án nhân dân cấp tỉnh, Tòa án nhân cấp huyện sẽ chịu giám sát của Tòa án nhân dân cấp cao để đảm bảo việc áp dụng pháp luật một cách nghiêm chỉnh và thống nhất. Điều đó đảm bảo tính đúng đắn và công bằng của việc áp dụng pháp luật.